固定资产的计税基础遵循历史成本核算原则。历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。在企业所得税计算过程中，依据历史成本，按照直线法计提的固定资产折旧准予扣除。由于企业经营状况复杂，经常发生企业购买或建造固定资产已经投入使用，但没有取得相关票据的情形。本文举例说明该情况下的折旧扣除问题。
A企业办公楼于2009年12月竣工后投入使用，由于与建筑承包商存在纠纷，对方未开具金额1000万元的发票。2009年企业所得税汇算清缴时，根据国家税务总局《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）的规定，企业固定资产投入使用后，由于工程款项尚未结清未取得全额发票的，可暂按合同规定的金额计入固定资产计税基础计提折旧，待发票取得后进行调整。但该项调整应在固定资产投入使用后12个月内进行。2009年，该企业按照包含未取得发票的1000万元合同价款计提了折旧。如今，该企业已经超过12个月未取得发票，2010年企业所得税该如何调整？
对企业购进但尚未取得发票的已入库且入账的固定资产，原则上须在年度终了前取得正式发票后，其相关的支出方可税前扣除。也有地方税务机关考虑到纳税人的特殊情况，规定取得发票的时限最迟不得超过纳税人办理当年企业所得税年度纳税申报法定截止期限之前，超过这一时限的已办理汇算清缴税前扣除的相关支出，应进行纳税调整。这些都体现了《企业所得税法》据实扣除的规定。对由于工程款项尚未结清而未取得全额发票的情形，国税函〔2010〕79号文件进一步规定，调整可在12个月内进行。
以A企业为例，若在2010年取得1000万元工程结算发票，即可以证明原投入使用的固定资产计税基础确定，不需要调整原计提的税前扣除折旧额。若取得1200万元或800万元工程结算发票，则说明2009年税前少扣除折旧或多扣除折旧，2010年当年度按调整后固定资产计税基础确定税前扣除折旧外，还需对于2009年度所得税额进行调整。调整额可填入年度纳税申报表主表第四十一行“以前年度多缴的所得税额在本年递减额”或第四十二行“以前年度应缴未缴在本年入库所得税额”。
例外情形是，A企业2010年还未取得办公楼工程结算发票，虽然国税函〔2010〕79号文件没有明确这种情形如何处理，但是根据《企业所得税法实施条例》第五十八条（二）项的规定，自行建造的固定资产，以竣工结算前发生的支出为计税基础。A企业2010年度只能按照实际取得发票额作为投入使用固定资产的计税基础并计算扣除折旧。之前年度由于估价入账多计提的折旧应在对应所属年度进行调整，少缴纳所得税可填入年度纳税申报表主表第四十二行“以前年度应缴未缴在本年入库所得税额”。
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